La app más popular para conseguir esto es Facebook Hide Seen, que es gratuita pero funciona solo con el navegador Chrome. Otra posibilidad es usando Chat Undetected, desarrollado por Crossrider, que también es gratuito y funciona con Chrome, Firefox, Internet Explorer y Safari.
Eso sí, en la declaración de derechos y responsabilidades de Facebook que todos los usuarios deben aceptar se estipula que no deberá hacerse nada que pueda desactivar o afectar el funcionamiento correcto de la red social y sus funciones. –